吉林大学网上直采

您好，欢迎来到吉林大学网上直采！你好，欢迎来到吉林大学网上直采!

帮助指南

[BA202001123]骨关节炎关节的软骨进行基因组DAN甲基化、全转录组及蛋白质组联合检测与分析备案终止公告

发布时间：2020-12-24 15:16:26

终止信息

终止理由：

付款方式填写不对。

采购信息

项目编号	BA202001123	项目名称	骨关节炎关节的软骨进行基因组DAN甲基化、全转录组及蛋白质组联合检测与分析
经办人单位	第二医院（白求恩第二临床医学院）	经办人	张桂珍
预算金额	251148.00 人民币	成交金额	251148.00 人民币
成交供应商	武汉华大医学检验所有限公司	质保期	24 月
联系地址	湖北省-武汉市-湖北省武汉市东湖新技术开发区666号	采购单位	吉林大学第二医院（白求恩第二临床医学院）
付款方式	服务完毕验收合格后100%付款。
供应商联系手机	15043063576	服务时间	2020年11月27日至 2020年12月12日
服务地址	吉林省-长春市-第二医院
验收方式	以成交单为准，参考相关内容进行验收。验收程序以甲方职能部门规定为准。
售后服务要求	1.电话支持:24小时; 2.服务年限:二年; 3.服务时限:报修后4小时; 4.质保期:两年; 5.合同签订后5个工作日内交付样本，自签订合同之日起25个工作日内完成。 6.完成服务所规定的所有检测项目及分析服务，根据完成情况进行付款。 7. 项目完成后2年内根据用户要求改善数据分析质量，提供必要的生信服务。;
采购材料	自主采购评审报告.jpg

明细清单

采购品目	基础医学研究服务	名称	样本全转录组分析（包括mRNA,lncRNA,circRNA,miRNA)
单位	项	数量	12
单价	¥3,799.00	总价	¥45,588.00
范围/服务内容及要求	1.每个样本不低于12G，Q30>85%； 2.标准分析： 1) 测序数据过滤和质量评估，比对参考序列； 2）转录本拼接， lncRNA筛选及编码潜能预测； 3) 基因/lncRNA表达量估计以及差异表达分析； 6）功能分析：差异基因GO，KEGG功能注释；差异lncRNA靶标基因GO，KEGG功能注释。 7) 联合分析； a) lncRNA与mRNA特征分析（lncRNA与mRNA长度分布统计，lncRNA与mRNA外显子个数分布统计）； 8) 差异lncRNA靶标预测分析： a) 差异 lncRNA的Cis作用靶标预测； b) 差异 lncRNA的Trans靶标预测 c) 差异lncRNA靶标基因的GO，KEGG功能注释； d ) lncRNA和mRNA的互作网络。 9) 可变剪切分析（可变剪切事件分类统计）； 10)差异lncRNA与差异mRNA共表达分析 11）Splice junction鉴定、circRNA预测及注释 ①基因/circRNA表达量估计以及差异表达分析； ②功能分析： circRNA靶标基因GO，KEGG功能注释；差异lncRNA靶标基因GO，KEGG功能注释； ③联合分析 ④差异circRNA的靶向miRNA预测； ⑤差异circRNA的靶向miRNA的网络图构建； ⑥差异circRNA、miRNA与差异mRNA的ceRNA分析； ⑦差异circRNA、miRNA与差异mRNA的靶向关系构建 ⑧差异circRNA、miRNA与差异mRNA的ceRNA网络图 4.miRNA 检测与分析要求 1.每个样本不低于20M reads，Q30>85%； 2. 采用标准Illumina建库流程进行文库构建 3.标准分析： 1) 数据过滤以及长度分布统计。 2) 基因组比对，鉴定已知miRNA，对非编码RNA进行注释，基因区域及重复序列注释。 3) novel miRNA预测； 4) miRNA结构水平分析，miRNA家族分析。 5) miRNA表达量水平分析：表达量统计、差异分析和聚类分析。 6) miRNA功能分析：miRNA靶基因预测和靶基因的功能注释分析。 7）ceRNA调控机制分析(差异lncRNA+差异miRNA+差异mRNA)

采购品目	基础医学研究服务	名称	样本850k基因组甲基化芯片检测与分析
单位	项	数量	40
单价	¥2,849.00	总价	¥113,960.00
范围/服务内容及要求	1.可同时检测＞850,000个甲基化位点 2.全面的全基因组覆盖范围：覆盖＞95%的CpG岛，99%的基因 3.覆盖增强子区域350,000个甲基化位点 4.单碱基分辨率，可以直接检测到发生甲基化的准确位点 5.技术重复的重现性>98% 6.DNA起始量仅需250ng 自签订合同之日起25个工作日内完成样本质检、芯片实验、数据分析，要求： 1.数据质控：包括样本的β值密度曲线、各样本的β值箱线图、样本相关性图、PCA图等 2.差异筛选：包括标准化后的甲基化位点总表、差异甲基化位点（DMP）列表、差异甲基化区域（DMR）列表、差异甲基化位点(DMP)基因组展示、差异甲基化区段(DMR)基因组展示、差异甲基化位点热图/散点图/火山图等 3.功能注释：包括DMP对应基因的GO和KEGG富集、DMR对应基因的GO和KEGG富集、表观遗传的功能模块分析 4.甲基化和 CNV 关联分析（Circos 图），差异表达基因甲基化水平比较分析(小提琴图) 5.差异表达基因和甲基化水平比较分析，能够提供小提琴图、热图、散点图、HALLA图、FEM图、网络图，以及多组学相关的其他分析内容； 6.基于甲基化谱和转录组的分型或亚类分析； 7.甲基化与转录组在核心通路的pathway展示

采购品目	基础医学研究服务	名称	样本转录组测序与分析
单位	项	数量	28
单价	¥700.00	总价	¥19,600.00
范围/服务内容及要求	*1.每个样本不低于6G，Q30>85%； 2.普通转录组文库，Illumina HiSeq平台、PE150方式测序。 3.标准分析： 1) 对原始数据进行去除接头、污染序列及低质量reads的处理； 2) 测序指标评估； 3) 基因表达注释：基因表达量估计、表达量分布统计、数据饱和度分析、样本聚类； 4) 基因差异表达分析及功能注释； 5) 差异基因表达模式聚类分析； 6) 差异表达基因GO/KEGG Pathway显著性富集分析 8) 新转录本预测及基因信息注释； 9) 蛋白质互作网络分析。 10）转录因子分析：转录因子预测及所属转录因子家族分析。

采购品目	基础医学研究服务	名称	蛋白质组检测与分析
单位	项	数量	20
单价	¥3,500.00	总价	¥70,000.00
范围/服务内容及要求	1.样本处理蛋白提取及浓度测定、蛋白SDS-page凝胶检测、蛋白酶解、一维色谱分离； *2. DDA数据建库、DIA质谱检测、采用数据非依赖性采集模式，通过液质联用技术（LC-MS/MS）对蛋白质酶解肽段进行质谱分析，蛋白搜库定性及定量、差异表达蛋白筛选、差异蛋白功能分析、完整实验报告。 3鉴定蛋白数量达到6000-7000+种蛋白； 4. 质谱原始数据、蛋白定性定量信息列表、以及差异表达蛋白的生物信息学分析。 1）数据质控：包括组内样品均一性、组间样品差异性以及变化趋势包括样本的相关性图、PCA图等。 2）差异蛋白显示，包括火山图、韦恩图、Heatmap、Cluster聚类图等。 3)针对差异表达蛋白获取其GO功能信息并绘制GO统计分析图； 4)针对差异表达蛋白获取其参与的pathway功能信息并进行Pathway显著性统计学分析； 5)根据生物学功能构建蛋白互作图谱； 6)提供全部鉴定实验程序及数据分析整理方法，同时需要提供补充材料，具体包括：实验方法与仪器、查库参数、结果说明； 7)提供所有样品的质谱下机原始数据以及相关生物信息分析过程文件。 5.全转录组（mRNA, mcRNA,,LncRNA,cirRNA）、与蛋白质组之间联合关联分析（热图）、热图）、GO 或者 kegg pathways 相关性富集分析（热图） 6.差异性甲基化、全转录组（mRNA, mcRNA,,LncRNA,cirRNA）、蛋白质组之间联合关联分析（热图）、热图）、GO 或者 kegg pathways 相关性富集分析（热图）

采购品目	基础医学研究服务	名称	样本总RNA提取
单位	项	数量	40
单价	¥50.00	总价	¥2,000.00
范围/服务内容及要求	符合转录组检测要求

技术支持热线：0431-80531009 工作日：8:00-16:30

服务邮箱:service_edu@bosssoft.com.cn